Изминали са няколко месеца, откакто Х-мен са победили Магнито и са го затворили в пластмасова камера. Един ден мутант, подвизаващ се с името Нощна сянка, се внедрява в Белия дом и прави опит да покуши президента. Междувременно Лоуган се опитва да разкрие миналото си и защо е станал мутант. Но търканията между хората и мутантите стават все по-сериозни. Учен на име Уилям Страйкър получава задача да открие тайното училище на Професор Х и приспособлението му, наречено "Церебро".
